HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

3Dモデル表示
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モデルや鋳型の立体構造を表示するツール
HOMCOSサーバにおける3D構造表示は、"3D model viewer"(model3D.cgi)という共通のインターフェースで行います。 HOMCOSのどのサービスでも、検索結果ののアイコンをクリックすると3D model viewerが表示されます。

以下に、「ヘテロ多量体のモデル」のサービスで、CDKL1_HUMANとCCNB1_HUMANを5hq0を鋳型として、モデリングした結果を示します。

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画面左のアイコン説明
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各分子の表


アラインメント
モデリングに使ったクエリと鋳型のアラインメントが表示されます。これらのアラインメントは、BLASTプログラムで生成されたものです。"SecStr"の行は鋳型の2次構造、"ExpBur"の行は、鋳型の溶媒露出度(露出状態:"e", 埋没状態:"b")を表しています。"Contact"の行は、他の分子とのコンタクト部位を示しています。例えば、 bで示された部位は、 分子bとのコンタクト部位です。 bが何を示すかは、"各分子の表"の"mark"の列を見ればわかります。
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