HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

MODELLERの使い方
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HOMCOSサーバは、鋳型構造と簡易モデル(sequence-replaced model)のみを提供し、全原子のモデリングを行うためには、Modellerプログラムをユーザーが各自実行していただくことを前提としています。このヘルプページでは、HOMCOSからダウンロードしたファイルを使ってModellerを実行する方法をWindows10の環境を例にとって説明します。ModellerはMacやLinuxの環境でも実行できます。インストール方法については別項をご覧ください。
  1. Modellerの実行に必要なファイルの準備

    HOMCOSサーバのサービスのすべての3Dモデル表示の画面から、Modeller用のファイルをダウンロードできます。このヘルプでは、ヘテロ多量体のモデリングの例を紹介します。

    1. ヘテロ多量体のモデリングのページにアクセスし、以下のようにCDK5_HUMANCCNB1_HUMANを入力する。
    2. 以下のような検索結果が得られます。先頭のPDBコード2jgzをクリックします。

      [show WEB page]
    3. 以下のような3Dモデル表示のウィンドウが表示されます。

      [show WEB page]
    4. [Modellar script]をクリックします。次のようなページが表示されます。

      [show WEB page]
    5. 3つのファイル "model_complex.py", "alignment_complex.ali", 鋳型のPDBファイル("2jgz.pdb") を自分のパソコンにダウンロードします。このヘルプページでは、Windows10の環境で、visitorというアカウント名で、ユーザーのダウンロードディレクトリ(例えば、C:\Users\visitor\Downloads)に、ダウンロードすることを想定しています。

  2. 自分のパソコンでModellerを実行する

    Windows 10の場合を例にして説明します。インストール法のページに従い、Modellerをインストールしておいてください。

    1. スタートボタンを押し、[すべてのアプリ]を選びます。

    2. "M"の項目から、[Modeller9.17]のフォルダを開き、[Modeller]のコマンドプロンプトを選びます。

    3. 以下のようにModeller用のコマンドプロンプトの画面が表示されます。通常のコマンドプロンプトと異なり、Modellerに必要な環境変数はすべて設定されています。

    4. Modeller用の3つのファイルをダウンロードしたフォルダに移動します。ダウンロードしたディレクトリが C:/Users/visitor/Downloadsだとすると、ディレクトリを変更するコマンドcdを用い、
      cd C:/Users/visitor/Downloads あるいは 
      と、コマンドプロンプトに入力します。

    5. 必要なファイルがあるかどうか確認するために、dirコマンドを入力します。
      dir あるいは 
      正しいディレクトリであれば以下のように三つのファイル,model_complex.py, alignment_complex.ali, 鋳型のPDBファイル(2jgz.pdb)が表示されるはずです。

    6. 次に以下のコマンドでModellerを実行します。
      mod9.17 model_complex.py あるいは 
      計算には数分かかるので、しばらく待ってください。

    7. 計算が終了したら、再びdirコマンドを入力し、モデルが出力されているかを確認します。
      dir あるいは 
      出力ファイルの中で、.B99990001.pdbで終わるファイルがモデルのPDBファイルです。この場合は、model_complex.B99990001.pdbがモデルのPDBファイルです。

    8. 分子ビューア(UCSF Chimera, PyMOL など)で、出力PDBファイル(.B99990001.pdb)を表示し、予測モデルを確認してください。


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