HOMCOS : 相同複合体の検索・モデリングサーバ

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HOMCOS(HOMoology modeling of COmplex Structure) は、PDBに収納されている複合体の立体構造データを利用して、分子の類似性・相同性から、構造未知の分子ペアの構造を予測するためのサーバです。アミノ酸配列や化学構造から、PDB内から複合体の立体構造が解けている他の分子を探索したり、PDB内の構造を鋳型にして複合体立体構造を予測することができます。タンパク質の配列類似性検索にはBLASTを、化合物の構造類似性検索にはKCOMBUを用いています。

サービス クエリ(問い合わせ) 説明
結合分子の検索 タンパク質に対する結合分子の検索 アミノ酸配列 1本のアミノ酸配列をクエリとして、それと類似したタンパク質と結合している分子を検索します
化合物に対する結合タンパク質の検索 化学構造 1つの化合物構造をクエリとして、それと類似した化合物と結合しているタンパク質を検索します
複合体立体構造のモデリング ホモ多量体のモデル アミノ酸配列 1本のアミノ酸配列をクエリとして、そのホモ多量体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
ヘテロ多量体のモデル 2本のアミノ酸配列 2本のアミノ酸配列をクエリとして、そのヘテロ多量体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
化合物-タンパク質複合体のモデル アミノ酸配列と化学構造 1本のアミノ酸配列と1つの化学構造をクエリとして、その複合体の立体構造をホモロジーモデリングによって予測します
LastUpdate of PDB:20171101, Release of UniProt:2017_10 [Download data(PDB:20171101)]
タンパク質の配列類似性検索にはBLASTを、化合物の構造類似性検索にはKCOMBUを用いています。

HOMCOSは、文部科学省の創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業の支援を受け、大阪大学 蛋白研 蛋白質情報科学研究室により開発されました。

このサーバは、奈良先端大で開発されたHOMCOSサーバのアイデアをもとにしています。

HOMCOSサーバのサービスの一部はVaProSサーバから使うことができます。VaProSでは、"3D Interaction"という名称になっています。

参考文献

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