HOMCOS:化合物ータンパク質複合体のモデリング

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1本のアミノ酸配列と1つの化合物構造を入力し、類似した複合体立体構造を鋳型として、化合物ータンパク質複合体の立体構造のモデリングを行います。 アミノ酸配列は、UniProtのID、1文字表記のアミノ酸配列、[PDB_ID]+[鎖識別子]、PDBファイルのアップロードのどれかの方法で入力してください。 化合物は、PDBの3文字表記の入力,SMILES文字列を入力、化合物のファイル(SDF, MOL, MOL2, PDB)のアップロード、の3つのどれかの方法で入力してください。

タンパク質 化合物
タンパク質配列のID
(UniProt:ID/AC, RefSeq:protein_id)
(ADRB1_HUMAN,NP_000675.1)
アミノ酸配列:

PDB_ID:(2rh1, 1fin, 4hhb,...) CHAIN_ID:(A, B, ...)

PDBファイルのアップロード:

PDBの3文字の化合物コード:
(CAU, ATP, G39...)

SMILES文字列:

CC(NCC(COc1cccc3nc2ccccc2c31)O)C

化合物ファイル(3D)のアップロード:

SDF MOL MOL2 PDB

JSMEエディタで問い合わせ化合物を描く

注意: アップロードする化合物ファイルは3D構造(妥当な結合長と結合角)を持つ必要があります。 平面的な2D構造ではうまくモデリングできません。


Parameters for BLAST sequence search

Parameters for KCOMBU chemical structure search

アミノ酸配列の相同性検索にはBLASTを用いています。 化学構造検索にはKCOMBUを用いています。
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